Dos de los tres secretos revelados por la hermana Lucía en 1942 son: 1) "Ustedes han visto el infierno donde van las almas de los pobres pecadores. Para salvarles, Dios desea establecer en el mundo devoción a mi Inmaculado Corazón." 2) "La Primera Guerra mundial terminara pronto.

Sin embargo, si la humanidad no deja de ofender a Dios, otra guerra peor surgirá en el Reino del Papa Pío XI. Cuando ustedes vean una noche iluminada por una luz desconocida, sepan que éste es el gran signo que Dios les da, porque el va a castigar el mundo por sus crímenes a través de las guerras, el hambre, la persecución de la Iglesia y del Santo Padre. Para impedir esto, Yo vendré a pedir la consagración de Rusia a mi Inmaculado Corazón y la comunión de reparación de los Primeros Sábados. Si mi petición es acatada, Rusia se convertirá, y habrá paz. Si no, Rusia transmitirá sus errores a través del mundo, promoviendo guerras y la persecución de la Iglesia; los buenos serán martirizados, el Santo Padre tendrá que sufrir mucho, varias naciones serán aniquiladas; en el final mi Inmaculado Corazón triunfará.

El santo Padre consagrara Rusia a mi la cual se convertirá, y algún tiempo de paz se le dará al mundo." 3) El "tercer secreto" de Fátima ha constituido siempre uno de los mayores misterios de las seis apariciones y éste ha dado lugar a especulaciones sobre cual sería su mensaje, habían desde los que vaticinaban un holocausto nuclear, hasta los que decían que sería un mensaje de esperanza. Con motivo de la beatificación el día 13 de mayo del año 2000 de los pastorcitos Jacinta y Francisco, el Papa Juan Pablo II se traslado a Fátima para llevar a cabo la ceremonia de elevarlos a los altares. Más de un millón de peregrinos, esperaban al Papa en las proximidades del Santuario de Fátima en la que sería su tercera visita y que coincidía con el aniversario desde el atentado que sufrió 19 años atrás en la plaza de San Pedro del Vaticano.

Ese mismo 13 de mayo del 2000, el Sumo Pontífice Juan Pablo II, se entrevistó con sor Lucía de Jesús dos Santos, única superviviente de los tres videntes de Fátima, que contaba ya con 93 años de edad cumplidos. Sor Lucía de Jesús regaló 300 rosarios al Papa que había confeccionado ella misma con sus propias manos. El Papa saludó también a María Emilia dos Santos, quien fue milagrosamente sanada de una parálisis acabó de realizar una novena a la ya Beata Jacinta Marto, cuya curación había sido definitiva para la beatificación de los hermanos Jacinta y Francisco Marto. El decreto del milagro fue firmado por los arzobispos Eduardo Nowak y José Saraiva Martins, el día 28 de junio del año 1.999. Maria Emilia dos Santos empezó a sufrir fiebres reumáticas, hasta el extremo que quedó prácticamente inválida por lo que solo podía mover las manos y la cabeza. Veintidós años después de su inmovilidad se declaró médicamente incapacitada con carácter irreversible.

Comenzó entonces a pedir su curación a través de los hermanos Francisco y Jacinta Marto y a raíz de ello el día 20 de febrero de 1.989, que coincidía con el aniversario de la muerte de Jacinta, curó totalmente de su paraplejia, diagnosticada como una posible mielitis transversa. El Papa en este último viaje a Fátima regaló a la Virgen, el anillo que el primado de Polonia Stefan Wyszynski le había regalado a él cuando fue elegido Pontífice. Coincidiendo con todos estos acontecimientos, se anunció que en pocos días se daría a conocer cual era el contenido de ese tercer secreto de Fátima.

El cardenal Angel Sodano, habló tras la beatificación de los dos niños videntes en nombre del Papa Juan Pablo II, diciendo que el texto del tercer secreto era una visión profética comparable a la Sagrada Escritura, que no describía con sentido fotográfico los detalles de los acontecimientos futuros, sino que sintetizaba y condensaba sobre un mismo fondo hechos que se prolongaban en el tiempo con una duración no precisada, por lo que la clave de la lectura de ese tercer secreto debería ser de carácter simbólico. Según las declaraciones que hizo el cardenal Sodano secretario de Estado del Vaticano, ese tercer secreto trataba de la visión de los tres pastorcillos y que hacía referencia al "sufrimiento de los cristianos frente a los sistemas ateos", anunciando también en este tercer secreto el atentando cometido por el turco Ali Agca contra el Papa el día 13 de mayo de 1.981. La visión de Fátima, decía el cardenal Angel Sodano, mostraba a "un obispo vestido de blanco" (que representa a Juan Pablo II) y que "cuando camina penosamente hacia la cruz entre los cadáveres de los martirizados (obispos, sacerdotes, religiosos, religiosas y varias personas seculares) cae como muerto en la tierra por los tiros de un arma de fuego". El cardenal Sodano confirmó también que el Papa afirmaba que "fue una mano materna quién guió la trayectoria de la bala" que atentó de forma fallida contra su vida.

Después de aquel atentado, El Papa, en agradecimiento por haber salvado su vida, regaló a la Virgen de Fátima la única bala recuperada, de las dos que le fueron disparadas y ésta fue colocada en la corona de la Virgen. Según la Santa Sede, la visón de Fátima se refería sobre todo a la lucha de los sistemas ateos contra la Iglesia y los cristianos y describía el sufrimiento de los testigos de la fe en el último siglo del segundo milenio.El día 26 de junio del año 2.000 el cardenal Retzinger, prefecto de la Congregación para la doctrina de la Fe, encargado de interpretar el tercer secreto de Fátima, da a conocer el mensaje completo y ratifica que se refiere al atentado que tuvo el Papa y a la lucha del comunismo ateo contra la Iglesia, por lo que se confirma que dicho secreto no incluye revelaciones apocalípticas o sobre el futuro de la historia.

El cardenal precisó en unas declaraciones a la prensa que el texto no se desveló antes porque sor Lucía -que escribió las revelaciones hechas por la Virgen en la Cueva de Iria en el año 1.944- impidió que se publicasen hasta el año 1.960 y en los años siguientes visto que se trataba de imágenes indescifrables (aún no había ocurrido el atentado de la plaza de San Pedro) y era preferible esperar. En el documento de la Santa Sede se afirma que sor Lucía interpretó este tercer secreto como una visión profética comparable a las de la historia sagrada.El tercer secreto de Fátima fue conocido por los Papas Juan XXIII, Pablo VI y Juan Pablo II. Parece ser que Pio XII, que fue el primero a quien se le envió no llegó a leerlo.El cardenal Ratzinger manifestó en sus declaraciones que el secreto es una "revelación privada" (que se refiere a visiones y revelaciones que tienen lugar una vez terminado el Nuevo Testamento) y que por ello no es necesario creerlas.